中世纪开始于公元476年的西罗马帝国的灭亡，约结束于15世纪。这1000年的历史大致可分为两个时期：11世纪之前常被称为黑暗时期，这一时期的西欧在基督教神学和形而上学的教条统治下，人们失去了思想自由。15世纪开始的文艺复兴到17世纪发生的科学革命，从根本上动摇了神学世界观的基础，摧毁了封建制度的精神支柱，解放了人们的思想，使欧洲人后来居上，在科学技术、文化等方面跃至世界前列。
基督教作为世界三大宗教之一，是西方文明之源——两希文明，即希伯来文明和希腊文明的结晶。它构成了西方社会2000年的文化传统和特色，而西方文化则被人们习惯性地称为“基督教文化”或“基督教文明”。
基督教诞生于罗马帝国，一开始是穷苦人民的宗教，因而受到罗马统治者的残酷迫害。罗马帝国在公元4世纪开始四分五裂，公元400年前夕把基督教作为主导宗教。公元5世纪，日耳曼部落大举入侵，使西罗马帝国奄奄一息。随着古代时期的终结，中世纪时期开始。《新旧约全书》是用希腊文书写的，因此基督教从一开始就带有两希文明的痕迹。
基督教在产生和形成的过程中，深受当时流行的古希腊思想文化的影响。从作为世界宗教而诞生的那一刻起，基督教中就被注入了希腊理性。在创建和确立基督教思想体系的历史时期，毕达哥拉斯、苏格拉底、柏拉图和斯多葛学派哲学家的思想学说曾起过非常重要的作用。
毕达哥拉斯强调“灵魂轮回”说和数字神秘主义。他认为“灵魂”不朽，可以转变为别种生物；凡是存在的事物，都要在某种循环里再生。因此，他主张应形成一种从道德纯化及灵魂得救着眼的生活规律。在对“数”的认识上，他指出“万物皆数”，从而构成了具有抽象推理之哲学意义的数字主义。正如罗素所言：“有一个只能显示于理智而不能显示于感官的永恒世界，全部的这一观念都是从毕达哥拉斯那里得来的。如果不是他，基督徒便不会认为基督就是道；如果不是他，神学家就不会追求上帝存在与灵魂不朽的逻辑证明。”
苏格拉底哲学对基督教的影响主要在于他关于知识和善关系的学说。苏格拉底认为真正的知识和善有着关联，知识即至善；人达到善乃通过清晰明确的思维，而无知只会产生邪恶。人因具有理性而分享了神的智慧，因为神乃智慧本身。人的灵魂一旦脱离了肉体，就能与神合一，达到不朽。
柏拉图哲学则在其理念观、回忆说、灵魂不灭论和世界等级模式诸方面影响着基督教的观念体系。柏拉图认为，人通过感官和知觉过程形成的对一般真理的认识，实质上不过是回忆灵魂在前世的经历；一切知识都是回忆，一切学问也都是一种重新觉醒。这就是说，灵魂在同肉体结合之前就已存在，它可以直观理念世界，获得理念的知识，即真知。柏拉图在其哲学中所阐述的神之单一性与永恒性，以及神之至善观念和灵魂得救观念等，后来都成为基督教神学理论的论据。早期基督教思想家把柏拉图称为“说希腊话的摩西”或“犹太化的哲学家”。
第一位接受基督教的异教哲学家查士丁认为希腊哲学就是为基督教准备的，基督教哲学高于希腊哲学，基督是上帝的道成肉身，是最伟大的哲学家。
公元3—5世纪，早期的基督教教父们为了使基督教更具吸引力且内容更充实，开始将《圣经》教义与古希腊哲学融合在一起，其中古希腊的柏拉图思想对他们最具吸引力。基督教认为神是唯一永恒的、绝对存在和不可见的、是世界万物的创造者。神在本性上不可理解，即使通过灵魂的静观，也只能知道他存在而不能表达其本质。理念世界是神与世界的中介，通过这个中介，神创造了可感世界并向他启示了自己。就这样，柏拉图主义与基督教哲学的主要思想相结合，产生了新柏拉图主义。生活于公元205—270年的哲学家普罗提诺是最重要的新柏拉图主义者。普罗提诺对柏拉图思想的形而上学学说做了最全面和最合乎逻辑的介绍，其论述是以生命的精神等级为基础的。他把柏拉图的太一或善完全解释成先验的实在“一”，并认为是完美和自足的。天地万物，无论是精神的还是物质的，都是太一自省的副产品。精神是真正的实在，灵魂是宇宙的生命。新柏拉图主义中的毕达哥拉斯要素极强，所以新柏拉图主义也被称为数学的柏拉图主义。早期的基督教神学虽然受柏拉图的影响很深，但是更注重柏拉图主义中的神秘性。
这种根据《圣经》和利用新柏拉图主义建立的哲学，一般称为“教父哲学”。教父们在传教过程中，并不会对科学研究和科学思想进行压制。基督教的“护教学”认为，希腊哲学中发展起来的逻辑工具是必不可少的。柏拉图哲学的某些方面似乎与基督教教义关联得很好，如柏拉图所著《蒂迈欧篇》中的巨匠造物主看起来像是基督教的造物主——上帝。
中世纪早期最具影响力的教父奥古斯丁对理性在基督教信仰中所扮演的角色做了严格系统的阐述。与他以前的基督徒不同，奥古斯丁利用希腊哲学尤其是柏拉图哲学和普罗提诺哲学来补充和丰富他的信仰。新柏拉图主义把精神的东西看作是实在的。因此，我们在奥古斯丁那里遇到了基督教的新概念：处于中心的人类、作为线性发展的历史、一个从虚无中创造出宇宙的位格化上帝。这些概念与古代哲学结合在一起。奥古斯丁认为人是万物的中心，因为上帝是为了人而创造万物的，因为按照上帝模样而创造，注定将得到拯救的人是造物之灵。他在中世纪的影响仅次于《圣经》的影响。
和柏拉图一样，奥古斯丁强调精神存在的绝对实在性，这与物质世界不断变化的不确定性形成了对照。对于奥古斯丁来说，知识的本质是永恒的真理，最终要归结于上帝。作为上帝的映像的人类灵魂可以认识它自己，因此它自己的自我认识是对神之光的一种反射。所有真理，无论是科学的还是宗教的，都来自上帝。奥古斯丁只是因为科学能够提供一些原则，从而可以达到所有认识的最终目标即上帝，才对科学感兴趣。
在整个中世纪和文艺复兴的大部分时期，天主教会都是统治全欧洲的思想权威。总的来看，教会的影响是反科学的。对他们来说，科学是世俗的学问。《圣经》对于基督徒具有法律效力。奥古斯丁说：“人们从《圣经》之外获得的任何知识，如果它是有害的，就应该被抛弃；如果它是有益的，它就包含在《圣经》里了。”因此，人们为了获得应该掌握的所有知识，就只需读《圣经》和基督教早期创始者的著作。
没有人真正观察过自然界，因为没有这个必要。奥古斯丁在他的《小教理问答》也就是基督徒手册中，向信徒们做出了如下忠告：“当被问及关于宗教我们相信什么东西时，没有必要去探求事物的本性，而这种对本性的探求被希腊人称为自然哲学。”奥古斯丁排斥新柏拉图主义中的数学元素，他说：“好的基督徒应该提防数学家和那些空头许诺的人，这样的危险已经存在，数学家们已经与魔鬼签订了协约，要使精神进入黑暗，把人投入地狱。”
数学的柏拉图主义复兴要等到文艺复兴时期。当时人们虽然相信整个自然界都为人类服务，但是人类的存在却仅仅是为了死后复归上帝。尽管科学在中世纪晚期的思想中起了相当大的作用，但是占据支配地位的思想力量仍然是神学上的。新柏拉图主义的产生带有宗教神秘色彩，在理论上对早期基督教的教义起到了指导与推进作用，促进了基督教神学的进一步发展。亚里士多德的思想在中世纪被吸收后成为“经院哲学”的正宗思想，而“经院哲学”与“教父哲学”对近代科学的起源产生了深刻的影响。
