工藤新一无缘无故的消失，思念着新一的小兰怀疑起新一是否吃了阿笠博士研制的药变成了柯南，因为柯南的行为举止太像新一了，这也让柯南等人察觉到小兰的怀疑，因此柯南和小哀等人为了解除小兰的怀疑，让柯南服下药变回新一，同时小哀假扮成柯南一起出现，由此打消小兰的怀疑。
在TV的203集至204集中，由于毛利小五郎家的浴室坏掉了，而澡堂刚好公休，柯南就提议去阿笠博士家洗澡，而毛利小五郎就说小兰和柯南一起洗，小兰立刻就激动起来，反驳小五郎，自己为什么非要跟柯南一起洗澡不可，由此可以看出小兰已经怀疑了柯南是其实就是新一。
柯南也感觉到小兰看自己的眼神有点不同，感觉不是年轻女生看小学生一样，柯南与阿笠博士担心小兰是否开始怀疑柯南是新一了。
而后少年侦察队跟着阿笠博士去露营，在森林中发现钟石乳洞，在熊孩子的带领下，柯南被迫跟踪进去一起冒险，却钟石乳洞里碰上了一群搬运尸体的歹徒。
柯南等人不幸的被歹徒发现，然后柯南被歹徒打中一枪，在主角
光环下，柯南血流不止并且在半天的逃跑的时间仍然没事，最终在警察到来时候，柯南成为了人质，最后趁着歹徒分心，利用麻醉针麻醉歹徒，安全的获救了。手表麻醉针就是牛。
在需要给柯南输血的时候，小兰碰巧知道柯南的血型后，直接站了出来说自己与柯南的血型相同接着给柯南输了血，小兰其实清楚柯南的血型，这又间接地说明了小兰可能已经知道柯南就是新一。
经过抢救后，柯南最终没事了，服部平次的也来看望柯南，也知道小兰可能知道柯南就是新一，小兰不说出来是因为想柯南自己的坦白，服部平次又说可能是柯南和阿笠博士多心了，而柯南觉得这样下去没办法，也想着和小兰坦白身份。
而在TV的205集中，灰原哀在夜里偷偷地溜进柯南住院的房间里，拿着假的手枪打出七朵玫瑰花（花语：偷偷爱着你），然后给了柯南三个选择。
在学校的话剧上，正当黑衣骑士要与小兰kiss的时候，案件出现了，黑衣骑士将小兰护在身后，而服部平次打扮成新一的样子想为柯南解决掉小兰怀疑的问题，可惜被大家一眼认出来了。
在TV的206集中，在大家认为是这案件不是他杀的时候，化身为黑衣骑士的新一出现了。原来在灰原哀去柯南那晚，灰原哀给了柯南解药，让柯南变回新一，而灰原哀自己装扮成柯南的样子，为柯南打消小兰的怀疑。
而新一和柯南的同时出现，打消了小兰的怀疑，但由于解药只不过是试验期，在解决掉案件后，新一出现了明显的不适。
TV的207集中，柯南变回新一与小兰过回了短暂正常的高中生活，晚上新一拿着自己爸爸的金卡带着小兰去了父母求婚的场所，而小兰也与新一说一直怀疑柯南就是新一。
新一想向小兰求婚，但由于害羞与胆怯，加上案件的发生，最终都没说出来，而
通过服务员的话，小兰也知道新一是想和她求婚。
在TV的208集中，新一的出现又是一个遗憾的结局。处理完案件的新一的解药药效也到了，灰原哀算准时间到来，新一也变回了柯南，小兰没有等到新一的回来，而是等等柯南带来的解释。心疼新兰。
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