马来西亚和印度尼西是东南亚海上邻国，双方在马六甲海峡、南海纳土纳群岛海域、苏拉威西主张海域在重叠。1969年10月27日，两国划定南海大陆架边界和马六甲海峡部分大陆架边界。1970年3月17日，两国签署划界协议，完成马六甲海峡最窄部分的领海划界。1971年，马来西亚、印度尼西亚和泰国签署三边协议，确立了三国大陆架共同边界点。
印度尼西亚总统佐科维多多（中心）在抵达吉隆坡国际机场时受到马来西亚政府代表的欢迎（美联社）
经过 18 年的谈判，2023年6月8日，两国在吉隆坡签署《马六甲海峡最南端领海划界条约》和《苏拉威西海领海划界的条约》，划定了两国在两个海域的领海边界。双方还同意，尽快推动两国之间所有剩余未决的海上边界谈判。目前，两国未解决的海洋边界还有南海纳土纳群岛周边专属经济区边界以及苏拉威西大陆架和专属经济区边界。
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