第一部的内容是在纽约市的下水道住着四只跟随着来自日本的忍者老鼠师父且功夫高强的忍者龟，在一次偶然机会，忍者神龟救了一名正义的女记者，而且这位女记者也成为了唯一知道忍者龟住处的人。
由于行侠仗义，他们与一个神秘组织结怨。然后这个神秘组织招募了许多无知的小青年突袭他们，最终寡不敌众，忍者神龟受伤，同时，他们的老师也被抓去。后来女记者的上司的儿子跑来通知忍者龟，并告诉了他们神秘组织的地点。且这个神秘组织也是曾经杀害忍者老鼠主人的凶手，最后忍者神龟打败了这个神秘组织。
第二部就是发现变种物质的泄漏的忍者神龟后与史莱德之间展开的战斗，而忍者四龟也在次战斗中得到了提高！第三部由于魔杖，忍者神龟被传回到17世纪的日本，他们将在那里对抗邪恶的勋爵，并且夺了回魔杖，拯救纽约市！
第四部是功夫高强的忍者神龟，亲如一家的忍者神龟经历了一些是之后他们的关系就渐渐疏远了，与此同时，3000年前的13只魔兽送回去时，温特斯的四个兄弟（石人）却想把魔兽组建成军团，称霸世界！然后在老朋友艾普莉尔·奥尼尔和凯西·琼斯的相助下又集结了忍者神龟与之展开正义的战斗，再显神龟本色！
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