1997-98赛季，公牛队在赛季开始时知道这将是他们最后一次在一起。当时的总经理杰里·克劳斯(Jerry Krause)告诉教练菲尔·杰克逊(Phil Jackson)，他可以82胜0负，但仍然不会回来。乔丹随后表示，他不会为任何其他教练效力。
在12胜9负的开局之后，乔丹和公牛队在12月取得了八连胜，其中包括对年轻的科比·布莱恩特和湖人队的一场胜利。此时，仅是科比是在他的第二个NBA赛季。
乔丹和丹尼斯·罗德曼包夹查尔斯·巴克利，这是1月18日在芝加哥的一场比赛中。
在公牛队获胜期间，乔丹和巴克利发生了一些激烈的争执。
2月1日，乔丹在洛杉矶与湖人队的一场比赛中被奥尼尔逼到了绝境。两年后，奥尼尔和湖人将以三连冠中的第一个开始他们自己的王朝。
乔丹在常规赛的最后一场对阵活塞的比赛中面对乔杜马斯。
芝加哥公牛以一波16胜3负结束常规赛，夺得东部头号种子身份。
乔丹平均每场得分28.7分，赢得了他创纪录的第10个得分王头衔和他职业生涯的第五个MVP奖。
乔丹和斯科蒂·皮蓬在公牛队首轮系列赛对阵网队的比赛中。芝加哥以3比0横扫后者。
乔丹和史蒂夫·科尔在公牛队第二轮系列赛对阵黄蜂的比赛中
乔丹和公牛队在东部决赛中对阵雷吉·米勒和步行者，这是他们最艰难的季后赛考验之一
乔丹的投篮让公牛队以87-86取胜，这是他们十年来的第二个三连冠。
乔丹以45分结束比赛，并创纪录地第六次获得NBA总决赛MVP
毋庸置疑的是，乔丹的制胜球成为了一个标志性的形象。
爵士巨星约翰·斯托克顿在计时器响起时失手，乔丹和公牛队八年来第六次夺冠。
乔丹和杰克逊在第六场比赛中击败爵士后庆祝
两天后，乔丹、皮蓬和公牛队在芝加哥的胜利游行上用全部六个冠军奖杯庆祝
遗憾的是，在赢得他的第六个冠军头衔七个月后，乔丹在没有合同的情况下，在长期停摆的NBA中，于1999年1月13日宣布退役。(他当时的妻子胡安妮塔在他身后。)
