2025年11月5日，神舟二十号返回任务因发现飞船舷窗边缘有局部异常而紧急暂停。中国航天科技集团五院载人飞船系统总设计师贾世锦收到现场照片后，发现有一个三角形的痕迹。尺寸不大，但难以判断其性质。为确定情况，神舟二十号航天员在不同角度和光线条件下对异常位置拍照，并利用空间站机械臂上的摄像机从舱外辅助拍照。照片传回地面后，专家们进行了研判，确认出现了贯穿性的裂纹。
飞船舷窗是三层结构，最外侧是防热层。这道裂纹可能影响安全。确认裂纹后不到12小时，任务总指挥部决定推迟神舟二十号返回任务。接下来的任务是对裂纹进行安全性评估，并复核舷窗的研制生产过程。经过检查，确认设计没有问题，裂纹可能是由空间碎片造成的。
为了明确有裂纹的玻璃在返回过程中可能出现的变化，地面团队做了大量仿真分析和试验，并邀请权威科研机构开展了风洞试验。结果显示，最糟糕的情况是裂纹扩展导致玻璃脱落，进而造成舱内失压。尽管可能性很小，但不能排除这种最坏情况。
2025年11月8日，专项评审会明确神舟二十号飞船已不满足载人安全返回条件。此时，神舟二十一号飞船成为备选方案。最终决定神舟二十号乘组乘坐神舟二十一号飞船返回，因为两艘飞船状态基本一致。同时，神舟二十二号飞船也准备应急发射。
