子午工程二期通过国家验收，成为又一世界之最。该项目面向空间天气研究，与子午工程一期共同组成了世界最大的空间环境地基综合监测网，是我国建成的国际首个覆盖日地空间全圈层的综合性空间环境地基监测设施，标志着我国空间环境地基监测能力跃居世界领先地位。
子午工程二期于2019年11月开工建设，历时五年多，技术指标达到国际先进水平。项目包括全球最大综合孔径射电望远镜圆环阵太阳射电成像望远镜，能够实现最大视场达到10个Rs的连续稳定的太阳射电成像与频谱观测能力以及日冕射电活动的三维层析。此外，国内首台阵列式大口径激光雷达探测高度可达200-1000公里，信号灵敏度是国际同类设备的100倍。还有全球探测能力最强的三站式非相干散射雷达，能实现上千公里电离层的CT扫描和3分量成像探测能力。我国首台行星际闪烁望远镜，其太阳风三维结构反演能力也处于国际先进水平。
在试运行期间，子午工程二期已展现出了卓越性能。例如，在2024年5月成功捕捉到了超级磁暴事件，完整记录了日地空间环境对太阳活动响应的全过程，展示了其对空间天气事件的快速、高精度、全局监测能力。
目前，子午工程一期和二期已融合运行，96个站点、282台设备的数据全部实时汇聚到位于怀柔科学城的子午工程综合信息与运控中心。它们构建起了一链、三网、四聚焦的监测体系，实现了从太阳表面爆发行星际传播到地球空间响应的全链条追踪监测。
中国科学家还以子午工程为基础，率先提出并主导实施国际子午圈大科学计划，目标是建立陆地最完整的东经120°至西经60°子午圈监测链，实现对日地空间环境全纬度全天候、日不落的立体观测。
